《超凡蜘蛛侠》的故事发生在彼得·帕克念高中的时候，他在小的时候就被自己的亲生父亲和母亲遗弃了。从小到大，都是他的叔叔本和姑姑梅在抚养他。而帕克自己，也在孜孜不倦地寻找着和自己身世相关的线索。
终于，帕克发现了一个父亲的一个公文包，这个公文包里的线索似乎让他看到了当年他的父母遗弃自己的理由。按照公文包里的东西的提示，帕克找到了奥斯考博和科特·康纳斯博士的实验室。这个康纳斯博士是他父亲的前合作伙伴，他和帕克父母的失踪有着千丝万缕的联系。
可是，他却并不着急要告诉帕克关于他父母的事情，而是要帕克变成了蜘蛛侠，而他自己则变成了蜥蜴人--他要帕克自己来寻找真相。背负着使命的帕克在正义和信念的驱使下，利用自己获得的力量，变成了一个超级英雄。
不同于此前山姆·雷米执导的《蜘蛛侠》三部曲，《超凡蜘蛛侠》将视角拉回到彼得·帕克的高中时代，年轻的他一方面要同自己的初恋格温共同经历爱情与承诺的考验，另一方面还要揭开双亲神秘失踪的真相，在人生最大的挑战中完成从常人到英雄的命运性蜕变。
《超凡蜘蛛侠》讲述的是一个从小被父母遗弃，寄居在本叔（马丁·辛饰）和梅姨（莎莉·菲尔德饰）家中的孤儿高中生彼得·帕克（加菲尔德饰）的故事。如同大多数的青少年，彼得想知道他是谁，他是如何成为今天的他。彼得在高中找到了他的纯纯初恋，格温·史黛西（艾玛·斯通饰），他们一同为爱奋斗、相互许诺、分享秘密。当彼得发现他父亲留下的一个神秘的公文包后，他开始寻找当年双亲离奇失踪的线索，并因此找上他父亲当年的实验室伙伴科特·康纳斯博士（瑞斯·伊凡斯饰）。作为蜘蛛侠，他需要同康纳斯的化身，蜥蜴教授进行强劲的对决，彼得将利用他的力量做出改变命运的抉择，塑造出一个英雄的命运。
童年的一起突发事件，令彼得·帕克（安德鲁·加菲尔德 Andrew Garfield 饰）和父母生离死别。转眼彼得成为一名高中生，他偶然发现父亲的公文包，并从叔父本（马丁·辛 Martin Sheen 饰）处得到线索，于是启程前往奥斯库公司拜访父亲当年的合作伙伴——科特·康纳斯博士（瑞斯·伊凡斯 Rhys Ifans 饰）。在公司内四处寻找线索的彼得意外被蜘蛛咬了一口，回程途中他的身体发生奇异的变化。在康纳斯博士德引导下，彼得不断了解并发掘体内着超乎寻常的能力，喜怒哀乐，各种意想不到的事情迅速向他袭来。直到某日，他便成了影响深远的超级战士蜘蛛侠。
